Von 1807 bis 1813 war Wernigerode in das Königreich Westfalen integriert, bevor die Stadt dem neugebildeten preußischen Landkreis Osterwieck der preußischen Provinz Sachsen zugeordnet wurde. Erst nach Einspruch des Grafen Henrich zu Stolberg-Wernigerode wurde Wernigerode 1825 wieder Sitz eines eigenen Landkreises innerhalb des Regierungsbezirks Magdeburg.

In der 2. Hälfte des 19. Jahrhunderts setzte in Wernigerode neben dem Tourismus die industrielle Entwicklung (u. a. Maschinen- und Werkzeugbau, Elektromotoren, Pharmazeutische Produkte, Schokolade, Schreibwaren, Baustoffe) ein, die zu einem wesentlichen Aufschwung der Stadt als Tourismuszentrum und Wirtschaftsstandort führten.
Im Jahr 2006 war Wernigerode der Austragungsort der Landesgartenschau.

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